Có một số hang động trên đảo Phú Quốc. Một số đảo trong khu vực quần đảo An Thới cũng có hang động ví dụ như tại hòn Xưởng. Tuy nhiên, hầu hết các hang động chỉ là những khe hở nhỏ. Được tìm thấy trong đá trầm tích sa thạch lớn hoặc được hình thành bởi xói mòn. Thế nên ở huyện đảo Phú Quốc, hành khách sẽ không tìm thấy nhiều hang động để đi bộ vào và tham khảo.
Hang Dơi Phú Quốc
Phía sau làng Hàm Ninh ở Phú Quốc có một khu vực miền núi. Hình thành sườn núi Hàm Ninh trải dài dọc theo bãi biển phía Đông của đảo ngọc lục bảo. Ở đây khách tham quan sẽ tìm thấy một vài khe đá sa thạch lớn, trong hang có một đàn dơi nhỏ. Nên người dân địa phương gọi tại đây là hang Dơi. Nếu các bạn muốn ghé thăm và muốn nhìn thấy dơi trong hang. Hãy nhờ một người dân địa phương ở khu vực Hàm Ninh hướng dẫn các bạn đường đi cho an toàn nhé.
Hang Yến
Ngoài hang Dơi, Phú Quốc còn có hang Yến. Là hang động phổ biến thứ hai tại đảo ngọc tuy nhiên khách tham quan khó có thể tiếp cận nó được. Vì nó nằm gần khu quân sự phía Bắc khu vực bãi Sao. Hang Yến nhỏ hơn hang Dơi nhưng nó có tầm nhìn tuyệt đẹp ra vịnh Thái Lan.
Núi Chao
Núi Chao Phú Quốc cao 382 mét tọa lạc ở phía Bắc của vườn quốc gia Phú Quốc. Khu vực xung quanh núi rất phong phú về hệ thực vật và động vật. Cũng như có vài hang động nơi đây. Những hang động này đa phần khách du lịch không thể tiếp cận do chưa được khai thác tour du lịch. Tuy nhiên, hiện đã có những Chương trình làm cho những hang động này trở thành một điểm thu hút du lịch sinh thái.
Nếu hành khách đi du lịch ở Phú Quốc và muốn khám phá rừng núi, hang động. Lời khuyên là nên chuẩn bị giày dép và đèn pin, nước uống đầy đủ. Cần có người hướng dẫn để biết được những con đường nào trơn trượt. Biết được hang nào có trần thấp cũng như phòng tránh rắn, nhện trong các hang động. Luôn phải báo với nhân viên nơi các bạn lưu trú là khách du lịch đi đâu và luôn giữ liên lạc với họ.